NIST RM 8375測序性能的微生物基因組標準品旨在用于微生物全基因組測序的驗證、優(yōu)化、過程評估和性能評估。特別注意評估基因組序列。該材料旨在幫助評估高通量微生物 DNA 測序方法的性能。該基因組 DNA 已從細胞培養(yǎng)物中提取。
因為 RM 是提取的 DNA，所以它不評估 DNA 提取等分析前步驟。然而，它確實對測序文庫制備、測序機器、堿基調(diào)用算法和隨后的生物信息學分析提出了挑戰(zhàn)。此 RM 并非旨在評估其他生物信息學步驟，例如菌株鑒定、系統(tǒng)發(fā)育分析或基因組注釋?；蚪M DNA 的純度被評估為適合這些目的。
RM 8375 的一個單元由四個小瓶組成。每個小瓶包含不同的微生物基因組 DNA 樣本（MG-001 鼠傷寒沙.門氏菌 LT2、MG-002 金黃色葡萄球.菌、MG-003 銅綠假單胞菌和 MG-004 產(chǎn)孢梭菌）。
儲存和使用說明
儲存：NIST RM 8375測序性能的微生物基因組標準品 在 NIST 的 –20 °C 溫度下儲存，但將與冷凍包裝一起運輸，并且可能不會冷凍到達。收到后，RM 8375 應(yīng)在 –20 °C 的黑暗中長期儲存，或在 4 °C 的黑暗中短期儲存（如果使用時間可能在大約 8 周內(nèi)）。
用途：
建議使用基因組序列來評估變異調(diào)用的準確性，而不是基因組組裝，因為正交測量方法對基因組序列結(jié)構(gòu)存在分歧，并且無法解決差異。由于與用于評估堿基調(diào)用準確性的方法相關(guān)的復雜性以及基因組序列中的潛在錯誤，強烈建議用戶手動檢查具有高堿基調(diào)用錯誤率的推定區(qū)域周圍的對齊讀數(shù)。參考文獻 3 概述了評估微生物基因組中變異調(diào)用的最佳實踐。
這些組件基于來自多種測量方法的數(shù)據(jù)；我們使用多種正交方法對材料進行了評估，以盡量減少與各個平臺相關(guān)的系統(tǒng)誤差的影響。這些數(shù)據(jù)可在國家生物技術(shù)信息中心 (NCBI) 序列讀取檔案 (SRA) 中以生物樣品 SAMN02854572、SAMN02854573、SAMN02854574 和 SAMN02854575 的 MG-001、MG-002、分別為 MG-003 和 MG-004 [4]。隨著測序技術(shù)和分析方法的改進，基因組序列將更新并在 Github 站點上可用（參見上文“信息價值”）。新版本號將指示更新的基因組序列以及描述更改的文本文件。在參考基因組中發(fā)現(xiàn)錯誤的用戶可以將他們的結(jié)果發(fā)布在參考 5 所示的網(wǎng)站上，確認的錯誤將被納入下一次序列更新中。
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